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微波滅菌在中西藥生產中已有應用，上世紀八十年代初，有關研究單位曾做實驗：將含菌量高達350萬個大鹽水混懸液密封與1～2ml的安瓶中，繼3～5kw，2450MHZ的微波作用15秒以上，安瓶溫度接近110℃，細菌全部殺滅。金黃色葡萄球菌與詞此類同，枯草桿菌芽胞含量為6～8萬個/ML液溫應達140℃，保持20秒鐘，可全部殺滅細菌。
中藥，尤其直接入藥的藥材，由于產于土垠。生于空氣中，在貯放環境中茗通風及衛生條件不符合要求，也易造成昆蟲、細菌的繁殖，故在洗藥，常規干燥時，難以將生物及微生物或卵、螨等清除或殺滅。因而，此種藥材即使經粉碎、過篩后也難以符合中國藥典所規定的雜菌指標要求，必須對其進行滅菌處理。
麻黃、生草鳥、甘草、穿心蓮經微波加熱、烘箱和未經加熱的樣品，從成分含量測定的結果分析，生物堿、內脂、有機酸等對微波加熱較穩定。烏頭堿經微波處理后，基本上沒有被破壞，一般滅菌時間為3～6分鐘?？傊?，一般溫度在80℃，照射數分鐘或數十分鐘，丸劑就可以達到滅菌效果。如密丸照射數分鐘可殺死74%～89%細菌，水丸照射16～22分鐘，可殺滅94%～99%的細菌，飲片照射2～4分鐘可殺滅99%的細菌，其效果優于干熱滅菌，而且熱轉換效率高，，節約能源、衛生、符合GMP要求并可實現自動控制及連續化生產。若將微波滅菌用于抗骨質增生丸，采用196W的輸出功率，滅菌時間3分鐘，可將大部分細菌殺滅，而且丸劑保持外行不變，滅菌后的丸劑顯干燥。
微波用于中藥滅菌提取的良好的效果。曾用三種微波發生裝置：2450MHZ隧道式微波加熱器；2450MHZ直波導微波機；2450MHZ組合波導微波機。分別對丸藥樣品進行滅菌，含菌數比未經處理的樣品降低74%～99%，微波滅菌的飲片含菌數比未經處理的降低99%，如微波處理的當歸，經分析測定其揮發油的氣相色譜圖，其主要成分無多大變化，而沸點低的其揮發油則明顯減少。
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