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石蠟包埋切片的HE染色法分色后用自來水或加數滴氨水堿化，直至細胞核變成藍色。這一步驟也可稱為“藍化”。入蒸餾水洗去堿性水分。入70%酒精→80%酒精各5分鐘。入伊紅染液染色30秒至數分鐘。以95%酒精對伊紅分色，至胞漿，結締組織等呈桃紅色。上行脫水：染色后的切片，因組織內含水而不透明，不能清晰地觀察其微細結構。因此，須將組織內的水分經各級酒精→無水酒精逐步置換，后進入不含水份的透明劑內。透明：入二甲苯透明劑，二次（各數分鐘）。取出切片：將組織周圍多余的二甲苯擦去，滴樹膠后加蓋玻片封固。結果：細胞核藍紫色，胞漿、膠原纖維、肌纖維為桃紅色，嗜酸性顆粒為鮮紅色，彈性纖維呈明亮桃紅色。調整切片厚度調整器，以3-5um為宜，進行切片。切出的蠟片應連續成完整的帶狀，用毛筆輕輕將蠟片托起，而后用眼科鑷夾起，正面向上放入水浴鍋的溫水中（水溫一般低于蠟熔點10-12℃，在45-50℃左右），待切片展平后，即可進行分片和撈片。每次展片完后，必須認真清理水面，不得遺留組織碎片，以防造成污染。將蠟片撈起并附貼于涂有蛋白甘油的載玻片上，撈片時應注意蠟片位置（放在載玻片左或右2/3處中央），要留出貼標簽的空間，蠟片與載玻片之間應無氣泡。撈起切片后，立即寫上編號。烤片：將已放置了蠟片的載玻片呈45o斜置片刻，待載玻片上的水分流下后插入切片架中，放入烤箱內烘烤，一般在60℃烤箱內烤30-60min，也可用烤片器烤片。經烘烤后，蠟熔化，切片牢固的貼于載玻片上。組織固定后，要除去組織中滲入的固定液和固定液產生的沉淀、結晶、色素等物質，否則會影響以后的染色效果，該過程即為固定后處理。處理方法要根據固定液來選擇，經過中性多聚甲醛固定的組織一般采用流水沖洗24小時來處理（在流水沖洗之前，可對組織塊進行適當的修整，便于包埋和切片的制作）。此外，含鈣組織，如：骨、牙齒等，在沖洗之后還應進行脫鈣處理。一般采用EDTA對含鈣組織盡行脫鈣處理，此法對組織無損傷，脫鈣速度慢，酶活性保留，對組織抗原損傷小。
