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為了增加優勢菌種在生物處理裝置內的濃度，提高難降解有機物的處理效率，固定化技術已被用來處理部分難降解有機物。固定化技術是通過化學或物理的手段將優勢的游離菌固定，使其不再游離，但仍具有生物活性的技術。
投加營養物和基質類似物：由于大部分有毒有機物的降解是通過共代謝途徑進行的，在常規活性污泥系統中可降解目標污染物的微生物數量與活性比較低，添加某些營養物包括碳源與能源性物質，或提供目標污染物降解過程所需的因子，將有助于降解菌的生長，改善處理系統的運行性能。投加基質類似物是針對代謝酶的可誘導性而提出，利用目降標污染物的解產物、前體作為酶的誘導物，提高酶活性。
投加遺傳工程菌酶：通過基因工程技術構建具有特殊降解功能的菌，形成了酶生物處理技術。酶的固定化技術是目前這一領域研究的熱點。
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