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醫療廢水中含有一些特殊的污染物，如藥物、消毒劑、診斷用劑、洗滌劑，和大量病原性微生物、寄生蟲卵及各種病毒。尤其是傳染病區和結核病區的醫療廢水中，含有多種傳染性病菌、病毒，如肝炎病毒、結核菌和痢疾菌等。此外，在設有同位素診療室的醫療廢水中還含鐳226、磷、金198、碘131等放射性物質。與工業廢水和生活污水相比，醫療廢水具有水量小，污染力度強的特點。這些病毒、病菌和寄生蟲卵在常溫環境中具有較強的存活率和適應性，在醫療廢水中能夠存活較長時間。如任其排放，必然會污染水源，傳播疾病，故必須將這些污染消滅在源頭。
