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微波殺菌是利用了電磁場的熱效應和生物效應的共同作用的結果。微波對細菌的熱效應是使蛋白質變化，使細菌失去營養，繁殖和生存的條件而死亡。微波對細菌的生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的電位分布，影響細胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，細胞結構功能紊亂，生長發育受到抑制而死亡。
微波臘肉殺菌設備的特性：
一、節約能源：常規熱力殺菌往往在環境及設備上存在熱損失，而微波是直接對食品進行作用處理，因而沒有額外的熱能損耗。相比而言，一般可節電30-50％。
二、均勻徹底：常規熱力殺菌是從物料表面開始，然后通過熱傳導傳至內部。存在內外溫差。為了保持食品風味，縮短處理時間，往往食品內部沒有達到足夠溫度而影響殺菌效果。由于微波具有穿透作用，對食品進行整體處理時，表面和內部都同時受到作用，所以消毒殺菌均勻、徹底。
三、便于控制：微波食品殺菌處理，設備能即開即用，沒有常規熱力殺菌的熱慣性，操作靈活方便，微波功率能從零到額定功率連續可調、傳輸速度從零開始連續調整，便于控制。
四、設備簡單，工藝先進：與常規消毒殺菌相比，微波殺菌設備不需要鍋爐、復雜的管道系統、煤場和運輸車輛等，只要具備水、電基本條件即可。
濟南鑫弘設備有限公司生產的微波設備對細菌、霉菌、酵母、真菌和酶具有的殺滅作用是公認的，目前對于微波殺菌機理大致有熱效應和生物學效應(非熱效應)兩種說法。前者認為微波能在微生物體內轉化為熱能，使其本身溫度升高，從而使體內熱蛋白質發生熱凝固致死。而后者認為除了熱效應之外，更主要的是其生物學效應加速了微生物的死亡過程。
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